Cấu trúc của các phân tử rất quan trọng vì điều này cung cấp thông tin về cách phân tử sẽ tương tác với các hợp chất khác. Hình dạng chỉ ra các điểm đóng băng hợp chất, điểm sôi, độ bay hơi, trạng thái vật chất, sức căng bề mặt, độ nhớt và nhiều hơn nữa. Việc hiểu cấu trúc hợp chất sẽ dễ dàng hơn nhiều khi nhìn thấy nó trong mô hình 3D. Các liên kết khác nhau có các góc khác nhau và các yếu tố khác nhau trong hợp chất được thể hiện bằng các màu khác nhau. Càng nhiều phần tử và liên kết trong một hợp chất, hình học của cấu trúc hợp chất càng tiên tiến và phức tạp.
Vẽ cấu trúc của phân tử đã chọn bằng cấu trúc chấm Lewis. Cấu trúc chấm Lewis cho thấy các nguyên tố chính, số electron hóa trị và hợp chất nào được liên kết với hợp chất trung tâm.
Xác định các góc cần thiết xung quanh mỗi hợp chất chính. Một hợp chất có bốn liên kết sẽ có các liên kết cách nhau 109,5 độ theo cách sắp xếp tứ diện. Ba liên kết trong một sắp xếp phẳng lượng giác được cách nhau 120 độ. Hai liên kết ngoài hợp chất chính được sắp xếp tuyến tính và cách nhau 180 độ.
Sơn các quả bóng xốp màu sắc thích hợp. Các quả bóng xốp xốp cho carbon sẽ có cùng màu, oxy Các quả bóng xốp sẽ là một màu khác và các quả bóng hydro thêm một màu. Các yếu tố khác nhau trong hợp chất càng nhiều màu sắc cần thiết.
Kết nối các quả bóng với gậy Popsicle hoặc chất tẩy rửa đường ống. Sử dụng các góc liên kết của hợp chất để có được cấu trúc chính xác. Liên kết đơn yêu cầu một người làm sạch đường ống, liên kết đôi hai người làm sạch đường ống và liên kết ba người làm sạch đường ống. Đối với các kết nối chắc chắn, đặt một ít keo vào đầu của các chất tẩy rửa đường ống trước khi chèn chúng vào các quả bóng xốp.