NộI Dung
Điện di trên gel là một kỹ thuật cho phép phân tích DNA ở cấp độ các phân tử cấu thành của nó. Trong phương pháp trực quan DNA này, các mẫu được đặt trên môi trường gel agarose và điện trường được áp dụng cho gel. Điều này làm cho các đoạn DNA di chuyển qua gel ở các tốc độ khác nhau phù hợp với đặc tính điện hóa của chúng.
Ethidium Bromide
Đối với kỹ thuật trực quan này, ethidium bromide được trộn với bột agarose, đệm EDTA và nước để tạo thành ma trận gel trước khi điện di. Do đó, các phân tử ethidium bromide trở nên phân tán đồng đều trong toàn bộ ma trận. Khi các giếng gel đã được lấp đầy với các mẫu DNA tương ứng và thuốc nhuộm theo dõi, điện áp được áp dụng để từ từ rút ra các hợp chất phân cực lớn trên ma trận.
Trong quá trình di chuyển này, các bazơ của các phân tử DNA tạm thời liên kết với các hạt nhờ vào điện tích ethidium bromide, kéo chúng theo. Vào thời điểm điện di gel hoàn tất, mỗi phân tử DNA đã thu được một lượng đáng kể ethidium bromide.
Với sự hiện diện của tia cực tím, ethidium bromide thể hiện huỳnh quang. Các kỹ thuật viên chiếu một tia UV được hiệu chỉnh đặc biệt trên gel trong khi một chiếc máy chụp được hình ảnh của các mảnh phát sáng.
Xanh methylen
Nếu không có hoặc sử dụng bộ chuyển đổi tia cực tím, các kỹ thuật viên có thể hiển thị DNA trong điều kiện bình thường bằng cách ngâm gel agarose thành phẩm, với DNA điện di bên trong, trong dung dịch xanh methylen qua đêm.
Một muối clorua với một anion kỵ nước đáng kể, các phân tử xanh methylen xâm nhập vào toàn bộ ma trận gel. Tuy nhiên, liên kết hydro trong suốt DNA khiến các phân tử vết bẩn tích tụ. Mật độ vết DNA tăng lên này mang lại màu xanh đậm hơn, có thể nhìn thấy bằng mắt thường.
Thuốc nhuộm theo dõi
Ngoài kích thước tương đối của các dải DNA, các kỹ thuật viên có thể đo kích thước tuyệt đối (theo cặp cơ sở) của từng mảnh bằng cách sử dụng các hóa chất gọi là thuốc nhuộm theo dõi. Có thể nhìn thấy mà không cần thêm metylen xanh hoặc ethidium bromide, theo dõi các thuốc nhuộm như bromophenol blue và xylene cyanol di chuyển qua ma trận gel aragose trong quá trình điện di với tốc độ tương tự như các đoạn DNA bao gồm 300 nucleotide và 4.000 nucleotide. Trong điện di, các đoạn DNA lớn hơn di chuyển qua ma trận gel với tốc độ chậm hơn các đoạn nhỏ hơn. Do đó, trong khi thuốc nhuộm theo dõi không ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng hiển thị của các đoạn DNA, việc so sánh vị trí của đoạn DNA trong gel với vị trí của các thuốc nhuộm này cho phép các kỹ thuật viên "nhìn thấy" số lượng nucleotide gần đúng của đoạn DNA chứa.