Theo trang web BioWeb của Đại học Wisconsins, mồi PCR là một oligonucleotide tổng hợp ngắn (thường dài từ 18 đến 25 bazơ) được sử dụng để khuếch đại các vùng DNA cụ thể trong kỹ thuật sinh học phân tử được gọi là phản ứng chuỗi polymerase (PCR). Cả hai đoạn mồi tiến và ngược đều cần thiết, được thiết kế để bổ sung ngược cho chuỗi DNA, để sườn và liên kết với vùng DNA mong muốn. Khi các nhà khoa học muốn thực hiện nghiên cứu về một gen hoặc vùng DNA cụ thể, trước tiên họ cần thực hiện PCR để thu được đủ vùng mục tiêu để làm việc. Thiết kế trình tự mồi cho khu vực quan tâm có thể cần thiết nếu chúng chưa có sẵn thông qua nghiên cứu được công bố trước đây hoặc bằng phương tiện thương mại.
Lấy chuỗi nucleotide của gen hoặc vùng DNA quan tâm và quyết định thời gian một đoạn bạn muốn khuếch đại. Các mồi tiến và đảo ngược được thiết kế để liên kết ở đầu và cuối đoạn mong muốn. Thông thường, các phương pháp PCR thông thường sử dụng các đoạn mồi nằm dọc một vùng giữa 100 đến 1.000 cặp cơ sở, trong khi các phương pháp PCR thời gian thực sử dụng các đoạn dài khoảng 50 đến 200 cặp cơ sở.
Quyết định nơi trong chuỗi bạn muốn mồi nằm. Ví dụ: bạn có thể muốn vị trí gần đầu 5 hoặc 3 của chuỗi hoặc ở giữa. Nếu muốn, chỉ định vị trí của các đoạn mồi để mở rộng một đoạn intron.
Thực hiện theo các hướng dẫn được đề nghị cho thiết kế mồi. Sự khuếch đại thành công của sản phẩm DNA phụ thuộc vào chất lượng của các mồi và các biến nhất định là rất quan trọng.
Thiết kế mồi có chiều dài từ 18 đến 24 căn. Vincent R. Prezioso, Tiến sĩ, từ Brinkmann Cụ Inc., cho rằng độ dài này đủ dài để cực kỳ cụ thể đối với vùng DNA mong muốn, nhưng đủ ngắn để dễ dàng liên kết (ủ). Nhiệt độ nóng chảy mồi (Tm) phải nằm trong khoảng từ 55 đến 80 độ C, đủ thấp để cho phép nóng chảy hoàn toàn ở hoặc trên 90 độ C, nhưng đủ cao để cho phép ủ. Nội dung GC (tỷ lệ phần trăm của Gs và C trong chuỗi) phải nằm trong khoảng từ 40 đến 60 phần trăm. Đầu 3 của trình tự mồi phải kết thúc bằng C hoặc G (được gọi là kẹp GC) để thúc đẩy liên kết, vì các nucleotide G và C có liên kết mạnh hơn, tuy nhiên, tránh có ba hoặc nhiều G hoặc C trong năm cơ sở cuối cùng của trình tự.
Tránh chạy bốn hoặc nhiều hơn một cơ sở (như ACCCC ...) hoặc bốn hoặc nhiều lần lặp di-nucleotide (như ATATATAT ...) vì chúng có thể gây ra hiểu sai.Thiết kế các đoạn mồi không có tương đồng nội mồi (hơn ba cơ sở bổ sung trong chính một mồi) hoặc tương đồng giữa các đoạn mồi (trong đó đoạn mồi tiến và đảo ngược có trình tự bổ sung). Điều này có thể gây ra tự làm mờ hoặc làm mờ mồi, trong đó các mồi liên kết với chính chúng thay vì liên kết với trình tự DNA mong muốn.
Sử dụng các tài nguyên và trang web trực tuyến hỗ trợ thiết kế mồi hoặc giúp kiểm tra trình tự mồi để tự bổ sung hoặc tiềm năng để tạo các cấu trúc thứ cấp như kẹp tóc. Một số trang web thiết kế mồi bao gồm Viện công nghệ Massachusetts Primer3, Trung tâm công nghệ sinh học thông tin quốc gia về công nghệ sinh học và công nghệ DNA tích hợp OligoAnalyzer.