NộI Dung
Khi bạn đã chạy các mẫu DNA trên gel agarose và chụp ảnh, bạn có thể lưu hình ảnh để sau này, tại thời điểm đó bạn có thể phân tích kết quả và giải thích chúng. Các loại điều bạn đang tìm kiếm sẽ phụ thuộc vào bản chất của thử nghiệm của bạn. Ví dụ, nếu bạn đang thực hiện kiểm tra DNA, bạn sẽ muốn so sánh kích thước của các đoạn DNA từ hai mẫu - từ nghi phạm và từ mẫu hiện trường vụ án, có lẽ. Nếu bạn đang làm việc với các plasmid từ vi khuẩn, ngược lại, bạn có thể cần đảm bảo rằng plasmid có chứa chất chèn. Do đó, cách bạn diễn giải gel của bạn sẽ phụ thuộc một phần vào thí nghiệm bạn đã làm. Tuy nhiên, có một số quy tắc chung bạn có thể áp dụng.
Bắt đầu từ trên cùng của hình ảnh, đo khoảng cách đến từng dải trong làn "tiêu chuẩn" của gel của bạn (còn gọi là thang). Làn tiêu chuẩn chứa các đoạn DNA có kích thước đã được biết đến, vì vậy bạn nên biết kích thước của từng mảnh trước khi bắt đầu thử nghiệm. Đồng thời đo khoảng cách di chuyển của các dải trong mỗi làn đường mẫu.
Chia khoảng cách cho mỗi tiêu chuẩn và từng dải trong các mẫu đi theo khoảng cách đến đáy gel. Kết quả được gọi là tính di động tương đối. Bạn có thể sử dụng chương trình bảng tính để thực hiện số học cho bạn nếu nó sẽ làm cho bước này nhanh hơn.
Nhập độ linh động và kích thước tương đối của từng tiêu chuẩn vào chương trình bảng tính của bạn, sau đó sử dụng công cụ vẽ biểu đồ chương trình bảng tính của bạn để tạo một biểu đồ của dữ liệu này với độ linh động tương đối trên trục x và kích thước trên y.
Khớp một đường thẳng vào biểu đồ bằng phương pháp hồi quy phi tuyến. Tham khảo phần Trợ giúp chương trình bảng tính của bạn nếu bạn cần biết cách thực hiện việc này. Bạn nên kết thúc với một phương trình, có lẽ một phương trình tương tự như sau:
y = (0,3) x ^ -2,5
Lưu ý rằng x ở đây sẽ là độ linh động tương đối, trong khi y là kích thước. Cũng lưu ý rằng phương trình của bạn có thể có các số hoàn toàn khác nhau cho số mũ và hệ số - phương trình này chỉ được cung cấp như một ví dụ giả thuyết.
Lấy độ linh động tương đối cho các dải từ mẫu của bạn và cắm nó dưới dạng x để tính kích thước của các đoạn DNA trong các dải mẫu.
Giả sử phương trình xuất phát từ chương trình bảng tính của bạn thực sự là y = (0,3) x ^ -2,5 và độ linh động tương đối của một dải mẫu cụ thể là 0,68. Thay 0,68 vào phương trình của bạn, bạn tìm thấy như sau:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
Sử dụng máy tính của bạn, bạn tăng 0,68 lên -2,5 và tìm các mục sau:
y = (0,3) (2,62)
y = 0,786
mà sau đó sẽ là kích thước ước tính tính bằng kilobase của DNA trong một trong các dải từ mẫu của bạn.
Plasmid
Lưu ý rằng bạn có thể hoặc không cần sử dụng các hướng dẫn trong phần này. Điện di gel agarose thường được sử dụng để xác nhận rằng một plasmid có chứa một hạt chèn nhất định. Nếu bạn không làm việc với plasmid, bạn có thể bỏ qua phần này. Nếu bạn là, tuy nhiên, bạn có thể làm theo các hướng dẫn sau.
Lưu ý rằng nếu bạn đang làm việc với các plasmid không bị cắt hoặc có biệt danh, bạn không thể ước tính kích thước bằng cách sử dụng quy trình từ phần 1 ở trên. Đó là bởi vì các plasmid không cắt và có biệt danh di chuyển ở các tốc độ khác nhau từ DNA tuyến tính.
So sánh số lượng ban nhạc trong mỗi làn. Hãy nhớ lại rằng một enzyme cắt giới hạn sẽ cắt DNA tại các vị trí có trình tự được gọi là vị trí hạn chế xảy ra. Nếu một mẫu được xử lý bằng các enzyme cắt giới hạn TWO, cả một dải cho phần chèn và một dải cho phần còn lại của plasmid sẽ xuất hiện. Đó là bởi vì phần chèn sẽ được đặt cạnh hai vị trí hạn chế, mỗi vị trí cho một loại enzyme khác nhau, do đó, việc cắt ở cả hai vị trí này sẽ giải phóng phần chèn ra khỏi plasmid. Ngược lại, một vết cắt tại một vị trí sẽ chuyển đổi plasmid thành DNA tuyến tính. Một mẫu cắt không có enzyme cắt giới hạn hoặc một enzyme cắt giới hạn, sau đó, nên có một dải đơn, trong khi mẫu cắt có hai enzyme cắt giới hạn phải có hai dải.
Xem ra các ban nhạc được tạo ra bởi DNA plasmid có biệt danh. Một plasmid có biệt danh chỉ có một vết cắt trong một sợi duy nhất, vì vậy nó di chuyển chậm hơn so với một plasmid bị cắt. Cắt plasmid lần lượt di chuyển chậm hơn DNA không cắt.
Ước tính kích thước của phần chèn bằng cách sử dụng quy trình được mô tả trong Phần 1 và xác định xem nó có phù hợp với mong đợi của bạn không (sẽ thay đổi tùy thuộc vào thử nghiệm.)